Program Studi Pendidikan Islam unggul dalam kompetensi pendidik bidang pendidikan agama Islam yang berbasis morality, intellectuality dan enterpreunership dengan misi: 1) Menyelenggarakan pendidikan dalam bidang pendidikan agama islam yang kreatif dan unggul berlandaskan nilai nilai al-Islam dan Kemuhammadiyahan. 2) Melaksanakan penelitian berbasis pendidikan agama Islam. 3) Melaksanakan pengabdian kepada masyarakat berbasis pendidikan agama Islam. 4) Mempublikasikan karya ilmiah yang relevan di bidang Pendidikan agama Islam. Ada pun tujuan program studi Pendidikan Agama Islam adalah: 1) Menghasilkan lulusan di bidang pendidikan Agama Islam yang kreatif dan unggul berbasis Al-Islam dan kemuhammadiyahan, baik teoritis maupun praktis. 2) Menghasilkan lulusan di bidang pendidikan Agama Islam yang mampu melaksanakan penelitian dan pengabdian masyarakat bidang Pendidikan agama Islam. 3) Mewujudkan lulusan yang mampu mempublikasikan karya ilmiah yang relevan di bidang Pendidikan agama Islam 4) Menghasilkan kerjasama dan jaringan di tingkat wilayah, nasional dan internasional untuk menyelenggarakan berbagai kegiatan pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat, publikasi ilmiah di bidang Pendidikan Agama Islam. Adapun Program Studi memfasilitasi wadah pengembangan kompetensi bagisi mahasiswa Pendidikan Agama Islam melalui kegiatan: 1) Sahabat Literasi PAI (Serasi). 2) Komunitas IT Tarbiyah (Komit). 3) Lingkar Seni PAI (Lini). 4) Quranic Learning Center (Qilat). 5) Klub Bahasa (Kuba)